ಸುದ್ದಿ

ಕಳೆದ ದಶಕದಲ್ಲಿ, ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸಂಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಅಭ್ಯಾಸದಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ, ಇದು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಆಣ್ವಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವ ಪ್ರಮುಖ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ಆಣ್ವಿಕ ರೋಗನಿರ್ಣಯ ಮತ್ತು ಉದ್ದೇಶಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಲ್ಲಿನ ಪ್ರಗತಿಗಳು ಗೆಡ್ಡೆಯ ನಿಖರತೆಯ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸಿವೆ ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆ ರೋಗನಿರ್ಣಯ ಮತ್ತು ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ತಂದಿವೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಅಪಾಯವನ್ನು ಎಚ್ಚರಿಸಲು, ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಿರ್ಧಾರಗಳನ್ನು ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿಸಲು ಮತ್ತು ಮುನ್ನರಿವನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲು ಜೆನೆಟಿಕ್ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು ಮತ್ತು ರೋಗಿಯ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು ಇದು ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗನಿರ್ಣಯ ಮತ್ತು ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಲ್ಲಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಅನ್ವಯವನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಲು CA ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜೆ ಕ್ಲಿನ್, ಜೆಸಿಒ, ಆನ್ ಓಂಕೋಲ್ ಮತ್ತು ಇತರ ಜರ್ನಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಸಂಕ್ಷೇಪಿಸುತ್ತೇವೆ.

ದೈಹಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪೋಷಕರಿಂದ ಆನುವಂಶಿಕವಾಗಿ ಪಡೆಯಬಹುದಾದ (ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು) ಅಥವಾ ವಯಸ್ಸಿನೊಂದಿಗೆ ಪಡೆದ (ಸೊಮ್ಯಾಟಿಕ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು) DNA ರೂಪಾಂತರಗಳಿಂದ ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ. ಜರ್ಮ್ ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಹುಟ್ಟಿನಿಂದಲೇ ಇರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ರೂಪಾಂತರವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ದೇಹದ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಜೀವಕೋಶದ DNA ಯಲ್ಲಿ ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಂತತಿಗೆ ರವಾನಿಸಬಹುದು. ದೈಹಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಗ್ಯಾಮೆಟಿಕ್ ಅಲ್ಲದ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ಸ್ವಾಧೀನಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತಾರೆ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸಂತತಿಗೆ ರವಾನಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ದೈಹಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ದೈಹಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಜೀವಕೋಶಗಳ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ನಾಶಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶಗಳ ಮಾರಕ ರೂಪಾಂತರಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ದೈಹಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮಾರಕತೆಯ ಪ್ರಮುಖ ಚಾಲಕ ಮತ್ತು ಆಂಕೊಲಾಜಿಯಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಂತ ಮುನ್ಸೂಚಕ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಆಗಿರುತ್ತವೆ; ಆದಾಗ್ಯೂ, ಸರಿಸುಮಾರು 10 ರಿಂದ 20 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟು ಗೆಡ್ಡೆ ರೋಗಿಗಳು ತಮ್ಮ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಅಪಾಯವನ್ನು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದಾರೆ ಮತ್ತು ಈ ಕೆಲವು ರೂಪಾಂತರಗಳು ಚಿಕಿತ್ಸಕವೂ ಆಗಿವೆ.
ಚಾಲಕ ರೂಪಾಂತರ ಮತ್ತು ಪ್ರಯಾಣಿಕರ ರೂಪಾಂತರ. ಎಲ್ಲಾ ಡಿಎನ್‌ಎ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಜೀವಕೋಶದ ಕಾರ್ಯದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವುದಿಲ್ಲ; ಸರಾಸರಿಯಾಗಿ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀವಕೋಶದ ಅವನತಿಯನ್ನು ಪ್ರಚೋದಿಸಲು "ಚಾಲಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು" ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಐದರಿಂದ ಹತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಘಟನೆಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ. ಜೀವಕೋಶದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ನಿಯಂತ್ರಣ, ಡಿಎನ್‌ಎ ದುರಸ್ತಿ, ಜೀವಕೋಶ ಚಕ್ರ ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಇತರ ಜೀವನ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳಂತಹ ಜೀವಕೋಶದ ಜೀವನ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳಿಗೆ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಚಾಲಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಚಿಕಿತ್ಸಕ ಗುರಿಗಳಾಗಿ ಬಳಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಯಾವುದೇ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟು ರೂಪಾಂತರಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ ಸಾಕಷ್ಟು ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ, ಕೆಲವು ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ಸಾವಿರದಿಂದ ಕೆಲವು ಹೆಚ್ಚು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗೊಳ್ಳುವ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಮತ್ತು ಎಂಡೊಮೆಟ್ರಿಯಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ 100,000 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು. ಹೆಚ್ಚಿನ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಯಾವುದೇ ಅಥವಾ ಸೀಮಿತ ಜೈವಿಕ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲ, ರೂಪಾಂತರವು ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸಿದರೂ ಸಹ, ಅಂತಹ ಅತ್ಯಲ್ಪ ರೂಪಾಂತರ ಘಟನೆಗಳನ್ನು "ಪ್ರಯಾಣಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು" ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಪ್ರಕಾರದಲ್ಲಿನ ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರವು ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಅದರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಅಥವಾ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ಮುನ್ಸೂಚಿಸಿದರೆ, ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಬಹುದೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಆಂಕೊಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳು. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಆಗಾಗ್ಗೆ ರೂಪಾಂತರಗೊಳ್ಳುವ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಸ್ಥೂಲವಾಗಿ ಎರಡು ವರ್ಗಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು, ಆಂಕೊಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳು. ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ, ಆಂಕೊಜೀನ್‌ಗಳಿಂದ ಎನ್‌ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಜೀವಕೋಶ ಪ್ರಸರಣವನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುವ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶ ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸುವ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಆಂಕೊಸಪ್ರೆಸರ್ ಜೀನ್‌ಗಳಿಂದ ಎನ್‌ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀವಕೋಶ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಕೋಶ ವಿಭಜನೆಯನ್ನು ಋಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಜವಾಬ್ದಾರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಮಾರಕ ರೂಪಾಂತರ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ರೂಪಾಂತರವು ಆಂಕೊಜೀನ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ವರ್ಧನೆಗೆ ಮತ್ತು ಆಂಕೊಸಪ್ರೆಸರ್ ಜೀನ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ಇಳಿಕೆ ಅಥವಾ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ.
ಸಣ್ಣ ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಮತ್ತು ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸ. ಇವು ಜೀನೋಮ್‌ನಲ್ಲಿನ ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ರೀತಿಯ ರೂಪಾಂತರಗಳಾಗಿವೆ. ಸಣ್ಣ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸುವ, ಅಳಿಸುವ ಅಥವಾ ಕಡಿಮೆ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತವೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಬೇಸ್ ಇನ್ಸರ್ಷನ್, ಡಿಲೀಷನ್, ಫ್ರೇಮ್‌ಶಿಫ್ಟ್, ಸ್ಟಾರ್ಟ್ ಕೋಡಾನ್ ನಷ್ಟ, ಕೋಡಾನ್ ನಷ್ಟ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ನಿಲ್ಲಿಸುವುದು ಇತ್ಯಾದಿ ಸೇರಿವೆ. ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಒಂದು ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಮರುಜೋಡಣೆಯಾಗಿದ್ದು, ಜೀನ್ ನಕಲು ಸಂಖ್ಯೆ ಬದಲಾವಣೆಗಳು, ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಅಳಿಸುವಿಕೆ, ನಕಲು, ವಿಲೋಮ ಅಥವಾ ಸ್ಥಳಾಂತರ ಸೇರಿದಂತೆ ಕೆಲವು ಸಾವಿರ ಬೇಸ್‌ಗಳಿಂದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳವರೆಗಿನ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿರುವ ಜೀನ್ ಭಾಗಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಈ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯದ ಕಡಿತ ಅಥವಾ ವರ್ಧನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀನ್‌ಗಳ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಹಿಗಳು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವರದಿಗಳ ಭಾಗವಾಗಿದೆ. ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಹಿಗಳನ್ನು ಗೆಡ್ಡೆ ರೂಪಾಂತರ ಲೋಡ್ (TMB), ಮೈಕ್ರೋಸ್ಯಾಟಲೈಟ್ ಅಸ್ಥಿರತೆ (MSI), ಮತ್ತು ಹೋಮೋಲೋಗಸ್ ರಿಕಾಂಬಿನೇಷನ್ ದೋಷಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಸಣ್ಣ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ಸಂಕೀರ್ಣ ಮಾದರಿಗಳಾಗಿ ಕಾಣಬಹುದು.

ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರ ಮತ್ತು ಸಬ್‌ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರ. ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಎಲ್ಲಾ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಇರುತ್ತವೆ, ರೋಗನಿರ್ಣಯದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಇರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪ್ರಗತಿಯ ನಂತರವೂ ಇರುತ್ತವೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಚಿಕಿತ್ಸಕ ಗುರಿಗಳಾಗಿ ಬಳಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಸಬ್‌ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶಗಳ ಉಪವಿಭಾಗದಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಇರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ರೋಗನಿರ್ಣಯದ ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಪತ್ತೆಯಾಗಬಹುದು, ಆದರೆ ನಂತರದ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯೊಂದಿಗೆ ಕಣ್ಮರೆಯಾಗಬಹುದು ಅಥವಾ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ ಮಾತ್ರ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯು ಒಂದೇ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಬಹು ಸಬ್‌ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ಎಲ್ಲಾ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ವೈದ್ಯಕೀಯವಾಗಿ ಮಹತ್ವದ ಚಾಲಕ ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ ಬಹುಪಾಲು ಕ್ಲೋನಲ್ ರೂಪಾಂತರಗಳಾಗಿವೆ ಮತ್ತು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಗತಿಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಸ್ಥಿರವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಸಬ್‌ಕ್ಲೋನ್‌ಗಳಿಂದ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುವ ಪ್ರತಿರೋಧವು ರೋಗನಿರ್ಣಯದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪತ್ತೆಯಾಗದೇ ಇರಬಹುದು ಆದರೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ ಅದು ಮರುಕಳಿಸಿದಾಗ ಕಾಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ.

ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ತಂತ್ರ FISH ಅಥವಾ ಸೆಲ್ ಕ್ಯಾರಿಯೋಟೈಪ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜೀನ್ ಸಮ್ಮಿಳನಗಳು, ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ವರ್ಧನೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು FISH ಅನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯೊಂದಿಗೆ ಆದರೆ ಸೀಮಿತ ಥ್ರೋಪುಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಅಂತಹ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು "ಚಿನ್ನದ ಮಾನದಂಡ" ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕೆಲವು ಹೆಮಟೊಲಾಜಿಕ್ ಮಾರಕತೆಗಳಲ್ಲಿ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ತೀವ್ರವಾದ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾದಲ್ಲಿ, ಕ್ಯಾರಿಯೋಟೈಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಇನ್ನೂ ರೋಗನಿರ್ಣಯ ಮತ್ತು ಮುನ್ನರಿವನ್ನು ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಕ್ರಮೇಣ FISH, WGS ಮತ್ತು NGS ನಂತಹ ಉದ್ದೇಶಿತ ಆಣ್ವಿಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ.
ವೈಯಕ್ತಿಕ ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು PCR ಮೂಲಕ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದು, ನೈಜ-ಸಮಯದ PCR ಮತ್ತು ಡಿಜಿಟಲ್ ಡ್ರಾಪ್ PCR ಎರಡರಲ್ಲೂ. ಈ ತಂತ್ರಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವೇದನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ, ಸಣ್ಣ ಉಳಿದಿರುವ ಗಾಯಗಳ ಪತ್ತೆ ಮತ್ತು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾಗಿವೆ ಮತ್ತು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು, ಅನಾನುಕೂಲವೆಂದರೆ ಪತ್ತೆ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಒಂದು ಅಥವಾ ಕೆಲವು ಜೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ), ಮತ್ತು ಬಹು ಪರೀಕ್ಷೆಗಳ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಸೀಮಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ.
ಇಮ್ಯುನೊಹಿಸ್ಟೊಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ (IHC) ಎಂಬುದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಆಧಾರಿತ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣಾ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದು, ಇದನ್ನು ERBB2 (HER2) ಮತ್ತು ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್ ಗ್ರಾಹಕಗಳಂತಹ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. IHC ಅನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೂಪಾಂತರಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು (BRAF V600E ನಂತಹ) ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀನ್ ಸಮ್ಮಿಳನಗಳನ್ನು (ALK ಸಮ್ಮಿಳನಗಳಂತಹ) ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು. IHC ಯ ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಅದನ್ನು ದಿನನಿತ್ಯದ ಅಂಗಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಸುಲಭವಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಬಹುದು, ಆದ್ದರಿಂದ ಇದನ್ನು ಇತರ ಪರೀಕ್ಷೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಬಹುದು. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, IHC ಉಪಕೋಶೀಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಥಳೀಕರಣದ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸಬಹುದು. ಅನಾನುಕೂಲಗಳು ಸೀಮಿತ ಸ್ಕೇಲೆಬಿಲಿಟಿ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂಸ್ಥಿಕ ಬೇಡಿಕೆಗಳಾಗಿವೆ.
ಎರಡನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಅನುಕ್ರಮ (NGS) NGS DNA ಮತ್ತು/ಅಥವಾ RNA ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸಮಾನಾಂತರ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ (WGS) ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀನ್ ಪ್ರದೇಶಗಳೆರಡನ್ನೂ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು. WGS ಅತ್ಯಂತ ಸಮಗ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ರೂಪಾಂತರ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಅದರ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಅನ್ವಯಕ್ಕೆ ಹಲವು ಅಡೆತಡೆಗಳಿವೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ತಾಜಾ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಗಳ ಅಗತ್ಯತೆ (WGS ಫಾರ್ಮಾಲಿನ್-ನಿಶ್ಚಲಗೊಳಿಸಿದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಇನ್ನೂ ಸೂಕ್ತವಲ್ಲ) ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ವೆಚ್ಚ ಸೇರಿವೆ.
ಗುರಿಯಿಟ್ಟ NGS ಅನುಕ್ರಮವು ಸಂಪೂರ್ಣ ಎಕ್ಸಾನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಗುರಿ ಜೀನ್ ಫಲಕವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಈ ಪರೀಕ್ಷೆಗಳು DNA ಪ್ರೋಬ್‌ಗಳು ಅಥವಾ PCR ವರ್ಧನೆಯಿಂದ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಉತ್ಕೃಷ್ಟಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಅನುಕ್ರಮದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ (ಇಡೀ ಎಕ್ಸೋಮ್ ಜೀನೋಮ್‌ನ 1 ರಿಂದ 2 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟಿದೆ, ಮತ್ತು 500 ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ದೊಡ್ಡ ಫಲಕಗಳು ಸಹ ಜೀನೋಮ್‌ನ 0.1 ಪ್ರತಿಶತವನ್ನು ಮಾತ್ರ ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ). ಫಾರ್ಮಾಲಿನ್-ಸ್ಥಿರ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಎಕ್ಸಾನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆಯಾದರೂ, ಅದರ ವೆಚ್ಚವು ಹೆಚ್ಚಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಗುರಿ ಜೀನ್ ಸಂಯೋಜನೆಗಳು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಆರ್ಥಿಕವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕಾದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡುವಲ್ಲಿ ನಮ್ಯತೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವ ಉಚಿತ DNA (cfDNA) ಹೊಸ ಆಯ್ಕೆಯಾಗಿ ಹೊರಹೊಮ್ಮುತ್ತಿದೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯ ಕೋಶಗಳು ಎರಡೂ DNA ಯನ್ನು ರಕ್ತಪ್ರವಾಹಕ್ಕೆ ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶಗಳಿಂದ ಹೊರಹೋಗುವ DNA ಅನ್ನು ಸರ್ಕ್ಯುಲೇಟಿಂಗ್ ಟ್ಯೂಮರ್ DNA (ctDNA) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಗೆಡ್ಡೆ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ಸಂಭಾವ್ಯ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು.
ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಆಯ್ಕೆಯು ಪರಿಹರಿಸಬೇಕಾದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ಅನುಮೋದಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು FISH, IHC ಮತ್ತು PCR ತಂತ್ರಗಳಿಂದ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಬಹುದು. ಈ ವಿಧಾನಗಳು ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣದ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳ ಪತ್ತೆಗೆ ಸಮಂಜಸವಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅವು ಹೆಚ್ಚುತ್ತಿರುವ ಥ್ರೋಪುಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಪತ್ತೆಯ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳು ಪತ್ತೆಯಾದರೆ, ಪತ್ತೆಗೆ ಸಾಕಷ್ಟು ಅಂಗಾಂಶ ಇಲ್ಲದಿರಬಹುದು. ಶ್ವಾಸಕೋಶದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಂತಹ ಕೆಲವು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಪಡೆಯುವುದು ಕಷ್ಟಕರವಾದ ಮತ್ತು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಬಹು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳಿರುವಲ್ಲಿ, NGS ಬಳಸುವುದು ಉತ್ತಮ ಆಯ್ಕೆಯಾಗಿದೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಆಯ್ಕೆಯು ಪ್ರತಿ ರೋಗಿಗೆ ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕಾದ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ ಮತ್ತು ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಾಗಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕಾದ ರೋಗಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ಕೆಲವು ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, IHC/FISH ಬಳಕೆ ಸಾಕಾಗುತ್ತದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಗುರಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದಾಗ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್ ಗ್ರಾಹಕಗಳು, ಪ್ರೊಜೆಸ್ಟರಾನ್ ಗ್ರಾಹಕಗಳು ಮತ್ತು ERBB2 ಪತ್ತೆ. ಜೀನೋಮಿಕ್ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಹೆಚ್ಚು ಸಮಗ್ರ ಪರಿಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ಸಂಭಾವ್ಯ ಚಿಕಿತ್ಸಕ ಗುರಿಗಳ ಹುಡುಕಾಟ ಅಗತ್ಯವಿದ್ದರೆ, NGS ಹೆಚ್ಚು ಸಂಘಟಿತ ಮತ್ತು ವೆಚ್ಚ-ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, IHC/FISH ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಅಸ್ಪಷ್ಟ ಅಥವಾ ಅನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿರುವ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ NGS ಅನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಬಹುದು.

ಯಾವ ರೋಗಿಗಳು ಜೆನೆಟಿಕ್ ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ ಅರ್ಹರಾಗಿರಬೇಕು ಎಂಬುದರ ಕುರಿತು ವಿಭಿನ್ನ ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳು ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ನೀಡುತ್ತವೆ. 2020 ರಲ್ಲಿ, ESMO ಪ್ರೆಸಿಷನ್ ಮೆಡಿಸಿನ್ ವರ್ಕಿಂಗ್ ಗ್ರೂಪ್ ಮುಂದುವರಿದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳಿಗೆ ಮೊದಲ NGS ಪರೀಕ್ಷಾ ಶಿಫಾರಸುಗಳನ್ನು ನೀಡಿತು, ಮುಂದುವರಿದ ಸ್ಕ್ವಾಮಸ್ ಅಲ್ಲದ ಸಣ್ಣ ಜೀವಕೋಶದ ಶ್ವಾಸಕೋಶದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್, ಪ್ರಾಸ್ಟೇಟ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್, ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್, ಪಿತ್ತರಸ ನಾಳ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಮತ್ತು ಅಂಡಾಶಯದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ದಿನನಿತ್ಯದ NGS ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಿತು ಮತ್ತು 2024 ರಲ್ಲಿ, ESMO ಈ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ನವೀಕರಿಸಿ, ಸ್ತನ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಮತ್ತು ಅಪರೂಪದ ಗೆಡ್ಡೆಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಲು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಿತು. ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಜಠರಗರುಳಿನ ಸ್ಟ್ರೋಮಲ್ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು, ಸಾರ್ಕೋಮಾಗಳು, ಥೈರಾಯ್ಡ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಅಜ್ಞಾತ ಮೂಲದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳು.
2022 ರಲ್ಲಿ, ಮೆಟಾಸ್ಟಾಟಿಕ್ ಅಥವಾ ಮುಂದುವರಿದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ದೈಹಿಕ ಜೀನೋಮ್ ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಕುರಿತು ASCO ನ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಅಭಿಪ್ರಾಯವು, ಮೆಟಾಸ್ಟಾಟಿಕ್ ಅಥವಾ ಮುಂದುವರಿದ ಘನ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಿರುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್ ಸಂಬಂಧಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯನ್ನು ಅನುಮೋದಿಸಿದರೆ, ಈ ರೋಗಿಗಳಿಗೆ ಆನುವಂಶಿಕ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ಹೇಳುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, BRAF V600E ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಮೆಟಾಸ್ಟಾಟಿಕ್ ಮೆಲನೋಮ ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ನಡೆಸಬೇಕು, ಏಕೆಂದರೆ ಈ ಸೂಚನೆಗಾಗಿ RAF ಮತ್ತು MEK ಪ್ರತಿರೋಧಕಗಳನ್ನು ಅನುಮೋದಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ರೋಗಿಗೆ ನೀಡಬೇಕಾದ ಔಷಧಕ್ಕೆ ಪ್ರತಿರೋಧದ ಸ್ಪಷ್ಟ ಗುರುತು ಇದ್ದರೆ ಆನುವಂಶಿಕ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಬೇಕು. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, KRAS ರೂಪಾಂತರಿತ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ Egfrmab ನಿಷ್ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ. ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ರೋಗಿಯ ಸೂಕ್ತತೆಯನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸುವಾಗ, ರೋಗಿಯ ದೈಹಿಕ ಸ್ಥಿತಿ, ಸಹವರ್ತಿ ರೋಗಗಳು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಹಂತವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸಬೇಕು, ಏಕೆಂದರೆ ರೋಗಿಯ ಒಪ್ಪಿಗೆ, ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ಸಂಸ್ಕರಣೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸೇರಿದಂತೆ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಹಂತಗಳ ಸರಣಿಯು ರೋಗಿಯು ಸಾಕಷ್ಟು ದೈಹಿಕ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮತ್ತು ಜೀವಿತಾವಧಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕು.
ದೈಹಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಕೆಲವು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳನ್ನು ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ಜೀನ್‌ಗಳಿಗಾಗಿಯೂ ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕು. ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಪರೀಕ್ಷೆಯು ಸ್ತನ, ಅಂಡಾಶಯ, ಪ್ರಾಸ್ಟೇಟ್ ಮತ್ತು ಪ್ಯಾಂಕ್ರಿಯಾಟಿಕ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ BRCA1 ಮತ್ತು BRCA2 ರೂಪಾಂತರಗಳಂತಹ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ಗಳಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಿರ್ಧಾರಗಳ ಮೇಲೆ ಪ್ರಭಾವ ಬೀರಬಹುದು. ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಭವಿಷ್ಯದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ತಪಾಸಣೆ ಮತ್ತು ತಡೆಗಟ್ಟುವಿಕೆಗೆ ಸಹ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು. ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ ಸಂಭಾವ್ಯವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾದ ರೋಗಿಗಳು ಕೆಲವು ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನ ಕುಟುಂಬದ ಇತಿಹಾಸ, ರೋಗನಿರ್ಣಯದ ವಯಸ್ಸು ಮತ್ತು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಕಾರ ಸೇರಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್‌ನಲ್ಲಿ ರೋಗಕಾರಕ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅನೇಕ ರೋಗಿಗಳು (50% ವರೆಗೆ) ಕುಟುಂಬದ ಇತಿಹಾಸದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಮಾನದಂಡಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸುವುದಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ, ರೂಪಾಂತರ ವಾಹಕಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಗರಿಷ್ಠಗೊಳಿಸಲು, ಸ್ತನ, ಅಂಡಾಶಯ, ಎಂಡೊಮೆಟ್ರಿಯಲ್, ಪ್ಯಾಂಕ್ರಿಯಾಟಿಕ್, ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಅಥವಾ ಪ್ರಾಸ್ಟೇಟ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಹೊಂದಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೋಗಿಗಳನ್ನು ಜರ್ಮ್‌ಲೈನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳಿಗಾಗಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕೆಂದು ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಸಮಗ್ರ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ (NCCN) ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತದೆ.
ಆನುವಂಶಿಕ ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಸಮಯಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ, ವೈದ್ಯಕೀಯವಾಗಿ ಮಹತ್ವದ ಚಾಲಕ ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ಕ್ಲೋನಲ್ ಆಗಿರುವುದರಿಂದ ಮತ್ತು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಗತಿಯ ಅವಧಿಯಲ್ಲಿ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸ್ಥಿರವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಮುಂದುವರಿದ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗನಿರ್ಣಯದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ರೋಗಿಗಳ ಮೇಲೆ ಆನುವಂಶಿಕ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ನಡೆಸುವುದು ಸಮಂಜಸವಾಗಿದೆ. ನಂತರದ ಆನುವಂಶಿಕ ಪರೀಕ್ಷೆಗೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರಿ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ, ctDNA ಪರೀಕ್ಷೆಯು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಅಂಗಾಂಶ DNA ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರಯೋಜನಕಾರಿಯಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ರಕ್ತದ DNA ಎಲ್ಲಾ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಗಾಯಗಳಿಂದ DNA ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು, ಇದು ಗೆಡ್ಡೆಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಹೆಚ್ಚು ಅನುಕೂಲಕರವಾಗಿದೆ.
ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ ctDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಚಿತ್ರಣ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಮೊದಲೇ ರೋಗದ ಪ್ರಗತಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಿರ್ಧಾರಗಳನ್ನು ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮಾಡಲು ಈ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸುವ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್‌ಗಳನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ctDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ. ಆಮೂಲಾಗ್ರ ಗೆಡ್ಡೆ ಶಸ್ತ್ರಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ ಸಣ್ಣ ಉಳಿದ ಗಾಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ctDNA ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು. ಶಸ್ತ್ರಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ ctDNA ಪರೀಕ್ಷೆಯು ನಂತರದ ರೋಗದ ಪ್ರಗತಿಯ ಬಲವಾದ ಮುನ್ಸೂಚಕವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ರೋಗಿಯು ಸಹಾಯಕ ಕಿಮೊಥೆರಪಿಯಿಂದ ಪ್ರಯೋಜನ ಪಡೆಯುತ್ತಾರೆಯೇ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಬಹುದು, ಆದರೆ ಸಹಾಯಕ ಕಿಮೊಥೆರಪಿ ನಿರ್ಧಾರಗಳನ್ನು ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮಾಡಲು ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳ ಹೊರಗೆ ctDNA ಅನ್ನು ಬಳಸಲು ಇನ್ನೂ ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ.

ಡೇಟಾ ಸಂಸ್ಕರಣೆ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮದ ಮೊದಲ ಹಂತವೆಂದರೆ ರೋಗಿಯ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯುವುದು, ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳನ್ನು ಸಿದ್ಧಪಡಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಕಚ್ಚಾ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವುದು. ಕಚ್ಚಾ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಸ್ಕರಣೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುವುದು, ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸುವುದು, ವಿಭಿನ್ನ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್‌ಗಳ ಮೂಲಕ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುವಾದದ ಮೇಲೆ ಈ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ರೇಖೆಯ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುವುದು ಸೇರಿವೆ.
ಚಾಲಕ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಯನ್ನು ಚಾಲಕ ಮತ್ತು ಪ್ರಯಾಣಿಕರ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಚಾಲಕ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಗೆಡ್ಡೆ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ನಷ್ಟ ಅಥವಾ ವರ್ಧನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ. ಗೆಡ್ಡೆ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳ ನಿಷ್ಕ್ರಿಯತೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಸಣ್ಣ ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ ಅಸಂಬದ್ಧ ರೂಪಾಂತರಗಳು, ಫ್ರೇಮ್‌ಶಿಫ್ಟ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಕೀ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು, ಹಾಗೆಯೇ ಕಡಿಮೆ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಪ್ರಾರಂಭ ಕೋಡಾನ್ ಅಳಿಸುವಿಕೆ, ಕೋಡಾನ್ ಅಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ನಿಲ್ಲಿಸುವುದು ಮತ್ತು ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ಇಂಟ್ರಾನ್ ಅಳವಡಿಕೆ/ಅಳಿಸುವಿಕೆ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಪ್ರಮುಖ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವಾಗ ಮಿಸ್ಸೆನ್ಸ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ಇಂಟ್ರಾನ್ ಅಳವಡಿಕೆ/ಅಳಿಸುವಿಕೆ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಗೆಡ್ಡೆ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಗೆಡ್ಡೆ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ರಚನಾತ್ಮಕ ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ ಭಾಗಶಃ ಅಥವಾ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನ್ ಅಳಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟಿನ ನಾಶಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಇತರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಆಂಕೊಜೀನ್‌ಗಳ ವರ್ಧಿತ ಕಾರ್ಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಸಣ್ಣ ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ ಮಿಸ್ಸೆನ್ಸ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸುವ ಸಾಂದರ್ಭಿಕ ಇಂಟ್ರಾನ್ ಅಳವಡಿಕೆಗಳು/ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಅಪರೂಪದ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮೊಟಕುಗೊಳಿಸುವಿಕೆ ಅಥವಾ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಆಂಕೊಜೀನ್‌ಗಳ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಆಂಕೊಜೀನ್ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಸಮ್ಮಿಳನ, ಜೀನ್ ಅಳಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ನಕಲು ಸೇರಿವೆ.
ಜೀನೋಮಿಕ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ವೈದ್ಯಕೀಯ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನವು ಗುರುತಿಸಲಾದ ರೂಪಾಂತರಗಳ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮಹತ್ವವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುತ್ತದೆ, ಅಂದರೆ ಅವುಗಳ ಸಂಭಾವ್ಯ ರೋಗನಿರ್ಣಯ, ಮುನ್ನರಿವು ಅಥವಾ ಚಿಕಿತ್ಸಕ ಮೌಲ್ಯ. ಜೀನೋಮಿಕ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ವೈದ್ಯಕೀಯ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನವನ್ನು ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದಾದ ಹಲವಾರು ಪುರಾವೆ ಆಧಾರಿತ ಶ್ರೇಣೀಕರಣ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿವೆ.
ಮೆಮೋರಿಯಲ್ ಸ್ಲೋನ್-ಕೆಟ್ಟರಿಂಗ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೆಂಟರ್‌ನ ನಿಖರವಾದ ಔಷಧ ಆಂಕೊಲಾಜಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (OncoKB) ಔಷಧ ಬಳಕೆಗೆ ಅವುಗಳ ಮುನ್ಸೂಚಕ ಮೌಲ್ಯದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ನಾಲ್ಕು ಹಂತಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸುತ್ತದೆ: ಹಂತ 1/2, FDA-ಅನುಮೋದಿತ, ಅಥವಾ ವೈದ್ಯಕೀಯವಾಗಿ-ಪ್ರಮಾಣಿತ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳು ಅನುಮೋದಿತ ಔಷಧಕ್ಕೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸೂಚನೆಯ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುತ್ತವೆ; ಹಂತ 3, ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಭರವಸೆಯನ್ನು ತೋರಿಸಿರುವ ಹೊಸ ಗುರಿ ಔಷಧಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುವ FDA-ಅನುಮೋದಿತ ಅಥವಾ ಅನುಮೋದಿಸದ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಹಂತ 4, ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಮನವೊಪ್ಪಿಸುವ ಜೈವಿಕ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿರುವ ಹೊಸ ಗುರಿ ಔಷಧಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುವ FDA-ಅನುಮೋದಿತವಲ್ಲದ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳು. ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪ್ರತಿರೋಧಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಐದನೇ ಉಪಗುಂಪನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಯಿತು.
ದೈಹಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಕ್ಕಾಗಿ ಅಮೇರಿಕನ್ ಸೊಸೈಟಿ ಫಾರ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಪ್ಯಾಥಾಲಜಿ (AMP)/ಅಮೇರಿಕನ್ ಸೊಸೈಟಿ ಆಫ್ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಆಂಕೊಲಾಜಿ (ASCO)/ಕಾಲೇಜ್ ಆಫ್ ಅಮೇರಿಕನ್ ಪ್ಯಾಥಾಲಜಿಸ್ಟ್ಸ್ (CAP) ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳು ದೈಹಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ನಾಲ್ಕು ವರ್ಗಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸುತ್ತವೆ: ಬಲವಾದ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮಹತ್ವದೊಂದಿಗೆ ಗ್ರೇಡ್ I; ಸಂಭಾವ್ಯ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮಹತ್ವದೊಂದಿಗೆ ಗ್ರೇಡ್ II; ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮಹತ್ವ ತಿಳಿದಿಲ್ಲದ ಗ್ರೇಡ್ III; ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮಹತ್ವ ತಿಳಿದಿಲ್ಲದ ಗ್ರೇಡ್ IV. ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಿರ್ಧಾರಗಳಿಗೆ ಗ್ರೇಡ್ I ಮತ್ತು II ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮಾತ್ರ ಮೌಲ್ಯಯುತವಾಗಿವೆ.
ESMO ಯ ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲರ್ ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಆಪರೇಬಿಲಿಟಿ ಸ್ಕೇಲ್ (ESCAT) ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಆರು ಹಂತಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸುತ್ತದೆ: ಹಂತ I, ದಿನನಿತ್ಯದ ಬಳಕೆಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ಗುರಿಗಳು; ಹಂತ II, ಇನ್ನೂ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತಿರುವ ಗುರಿ, ಗುರಿ ಔಷಧದಿಂದ ಪ್ರಯೋಜನ ಪಡೆಯಬಹುದಾದ ರೋಗಿಯ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಬಳಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ, ಆದರೆ ಅದನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಡೇಟಾ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಗ್ರೇಡ್ III, ಇತರ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಪ್ರಯೋಜನವನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದ ಗುರಿ ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು; ಗ್ರೇಡ್ IV, ಪೂರ್ವಭಾವಿ ಪುರಾವೆಗಳಿಂದ ಬೆಂಬಲಿತವಾದ ಗುರಿ ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮಾತ್ರ; ಗ್ರೇಡ್ V ನಲ್ಲಿ, ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸುವ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲು ಪುರಾವೆಗಳಿವೆ, ಆದರೆ ಗುರಿಯ ವಿರುದ್ಧ ಏಕ-ಔಷಧಿ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಬದುಕುಳಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸುವುದಿಲ್ಲ, ಅಥವಾ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಚಿಕಿತ್ಸಾ ತಂತ್ರವನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು; ಗ್ರೇಡ್ X, ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಮೌಲ್ಯದ ಕೊರತೆ.